インボイス制度が取引先との契約に与える影響と契約書の見直しポイント｜横浜の弁護士が解説

2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の仕入税額控除に大きな変化をもたらしました。制度開始から2年以上が経過した現在、当初は「とりあえず様子見」という対応をとっていた事業者でも、取引先との関係や契約内容を見直さざるを得ない状況が生まれています。

特に注意が必要なのが、2026年10月に迎える経過措置の変更です。これまで免税事業者との取引でも一定割合の仕入税額控除が認められてきましたが、その割合が段階的に引き下げられることで、発注側・受注側の双方に具体的なコスト負担が生じます。このタイミングを見据えて、契約書の条項や取引条件を今から整理しておくことが、中小企業の実務上の重要課題となっています。

本記事では、インボイス制度が取引先との契約関係に与える影響と、契約書見直しの実務ポイントを横浜の弁護士が解説します。

インボイス制度（適格請求書等保存方式）のおさらい

インボイス制度とは、消費税の仕入税額控除を受けるために、一定の記載要件を満たした「適格請求書（インボイス）」の交付と保存を義務付ける制度です。適格請求書を発行できるのは、税務署カ登録を受けた「適格請求書発行事業者（登録事業者）」に限られます。

従来は免税事業者からの仕入れでも区分記載請求書等があれば仕入税額控除が認められていましたが、インボイス制度では原則として適格請求書のない仕入れについては仕入税額控除が適用できないこととされています。

免税事業者は適格請求書発行事業者に登録できないため（登録すると課税事業者になる必要があります）、免税事業者との取引では発注側が仕入税額控除を受けられません。これが取引条件の見直しや契約書変更が必要になる根本的な理由です。

2026年10月からの経過措置変更でインボイス制度対応が変わる

インボイス制度の導入時には、免税事業者との取引が急激に不利になることを防ぐため、一定期間は仕入税額控除の一部を認める「経過措置」が設けられました。この経過措置が、2026年10月を境に内容が変更されます。

以下の表に、免税事業者からの仕入れに対する仕入税額控除の割合の推移をまとめます。

控除割合が80%から70%に引き下げられると、発注側（課税事業者）には1取引あたりの消費税負担が増加します。たとえば、年間で免税事業者から1,000万円（税込1,100万円）の仕入れがある場合、消費税100万円のうち80万円が控除されていたものが70万円となり、差額の10万円が追加的なコスト増となります。この影響は取引規模が大きいほど無視できない金額になります。

発注側が確認すべき取引先のインボイス登録状況

契約書の見直しを行う前提として、まず取引先が適格請求書発行事業者として登録しているかどうかを確認する必要があります。国税庁が公開する「適格請求書発行事業者公表サイト」では、登録番号または事業者名から登録状況を検索できます。

取引先の登録状況を確認したうえで、次のように整理するとよいでしょう。

• 登録事業者の取引先：通常どおりの仕入税額控除が適用されるため、契約書上の特別な対応は原則不要です。ただし、登録番号を請求書に正確に記載してもらうよう確認しておきましょう。
• 免税事業者の取引先：経過措置の期間中は一定割合の控除が認められますが、割合は段階的に縮小します。取引継続・条件変更・登録催促のいずれを選択するか、方針を早めに固める必要があります。
• 登録状況が不明な取引先：取引開始前または継続取引の節目で、登録の有無を書面で確認しておくことが実務上有効です。

特に、フリーランスや個人事業主との取引が多い業種（IT・デザイン・建設下請け等）では、登録していない免税事業者との取引が一定数含まれている可能性が高く、早期の棚卸しが求められます。

免税事業者との取引条件を見直す際の注意点

免税事業者との取引において、発注側が「インボイスを発行できないなら報酬を下げる」という対応をとることは珍しくありませんが、この交渉の進め方には十分な注意が必要です。

公正取引委員会は、インボイス制度に関連した取引条件の変更について、独占禁止法上の「優越的地位の濫用」に該当し得る行為として、以下のようなケースを挙げています。

• 仕入側事業者の都合のみで、免税事業者が実質的に消費税分の対価を受け取れなくなるほど著しく低い価格を一方的に設定すること
• 免税事業者に対してインボイス登録（課税事業者への転換）を強制する行為
• 登録しなければ取引を打ち切ると一方的に通告すること

また、下請事業者との取引では、下請法第4条第1項第5号の「買いたたき」に該当する可能性があります。課税事業者が下請事業者からの仕入れを行う場合、仕入税額控除ができなくなる分のコストを取引価格に一方的に転嫁することは、法令上問題となるおそれがあります。

契約書に盛り込むべきインボイス関連の条項ポイント

取引基本契約書や業務委託契約書など、継続的取引を規律する契約書においては、インボイス制度に関連する条項を適切に盛り込むことで、将来的なトラブルを予防することができます。以下に主な検討ポイントを挙げます。

①取引先のインボイス登録に関する表明・保証条項

契約締結時点において、受注側が適格請求書発行事業者として登録していることを表明・保証させる条項を設けることが考えられます。登録の取り消しや変更が生じた場合の通知義務も合わせて規定しておくと有効です。これにより、登録が失効した場合に取引価格の再交渉や契約解除の根拠を明確にできます。

②消費税・適格請求書の発行に関する条項

報酬・代金の支払いに際して、適格請求書（インボイス）の発行を求める旨を契約書に明記します。適格請求書の記載要件（登録番号・税率・消費税額等）を満たさない請求書が提出された場合の取り扱い（返戻・再発行の手続き等）も規定しておくと実務がスムーズになります。

③価格調整条項（消費税負担に関する合意）

免税事業者との取引継続を選択する場合、発注側が被る仕入税額控除の減少分を反映した価格調整を行う旨を、互いに合意した内容として契約書に明記します。「インボイス未発行の場合は税抜き価格から○%を減額する」といった具体的な計算方法を定めておくことで、後日の紛争を防ぎやすくなります。

④契約更新時の見直し条項

インボイス制度の経過措置は段階的に変化するため、契約更新時に取引価格や条件を再協議する旨の条項を設けることが望ましいといえます。特に複数年にわたる長期契約では、経過措置の変更に伴う価格への影響を双方が認識し、定期的に見直す仕組みを組み込んでおくことが重要です。

既存契約の見直し・修正の進め方

すでに締結済みの契約書にインボイス関連の条項が含まれていない場合、契約の更新タイミングや覚書の締結によって対応することが一般的です。取引先ごとに①登録状況の確認→②条件見直しの要否の判断→③合意形成・覚書締結という順序で進めると整理しやすいでしょう。取引先が多数ある場合は、取引金額の大きさや免税事業者の比率に応じて優先度をつけ、横浜の弁護士や税理士と連携しながら段階的に対応するのが現実的です。

なお、既存契約に「税込価格」での定めがある場合、その解釈がインボイス制度下でどのように機能するかも確認が必要です。免税事業者から「内税に消費税分を含んで払っているので控除が受けられないのは発注側の問題だ」と主張されるケースもあり、条項の文言が実務上の紛争原因になることがあります。

まとめ：インボイス制度への対応は「契約書」から始める

インボイス制度への対応は、会計・税務面の問題だけではなく、取引先との契約関係にも深く関わります。2026年10月から経過措置の内容が変更されることを踏まえると、今が契約書の内容を見直す好機といえます。

見直しにあたっては、単に条項を追加するだけでなく、取引先との交渉プロセスを適切に踏むことが、独占禁止法・下請法上のリスクを回避するうえで不可欠です。価格条件の変更を伴う場合は、一方的な通知でなく書面による合意が重要です。横浜の弁護士への相談をご検討ください。

※本記事は一般的な法律情報の提供を目的としており、個別の法律相談ではありません。具体的な案件については弁護士にご相談ください。